生物機能工学演習２日目　分子力場計算（１）

分子力場計算とは？

分子，原子の世界では，分子構造や運動は量子力学を用いて記述される．波動方程式は一般に次の様に書かれる．

$$H\Psi=E\Psi$$

波動方程式は，水素原子やヘリウムを除けば解析的に厳密には解けず，かつ計算量が多大になり，多原子原子への応用は限りがある．

そこで，原子を質点，結合をばねとみなす「分子力場」を用いることが古くから行われてきた．

$$E=\sum 伸縮 + \sum 変角+ \sum ねじれ + \sum ファンデルワールス + \sum 静電相互作用$$

本日の演習ではAllingerらの開発したMM3力場を用いる．MM3力場の詳細は，以下の論文を参照のこと．

Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H.; Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111 (23), 8551–8566.

レポートについて

生物機能工学演習　テキストの１日目課題及び２日目課題を提出する．提出先は後で指示する．

ブタン（トランス形の作成）とコンホメーションエネルギーの計算

二面角の読み取り

ゴーシュ形の作成

分子力場計算（２）に続く