生物機能工学演習2日目 分子力場計算(1)

分子力場計算とは?

分子,原子の世界では,分子構造や運動は量子力学を用いて記述される.波動方程式は一般に次の様に書かれる.

$$H\Psi=E\Psi$$

波動方程式は,水素原子やヘリウムを除けば解析的に厳密には解けず,かつ計算量が多大になり,多原子原子への応用は限りがある.

そこで,原子を質点,結合をばねとみなす「分子力場」を用いることが古くから行われてきた.

$$E=\sum 伸縮 + \sum 変角+ \sum ねじれ + \sum ファンデルワールス + \sum 静電相互作用$$

本日の演習ではAllingerらの開発したMM3力場を用いる.MM3力場の詳細は,以下の論文を参照のこと.

Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H.; Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111 (23), 8551–8566.

ブタン(トランス形の作成)とコンホメーションエネルギーの計算

二面角の読み取り

ゴーシュ形の作成

分子力場計算(2)に続く

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