【例2 ブタンの分子力場計算】


  1. 「ファイル」メニューの「開く」で例1で作成した分子を読み込む.
  2. 「ファイル」メニューから,「エクスポート」の「TINKER(XYZ)」を選択する.
  3. 「Change Atom type」ダイアログボックスが現れるが,そのまま「OK」をクリック.
  4. ファイル名を入力する.拡張子「.xyz」を付けること.「OK」をクリックすると保存される.
  5. 「スタート」の「bio」から「Tinker」を選択する.
  6. この動画に従って,Moldaで作成した分子構造を読み込んで計算する.mm2.prmを必ず選んで下さい.
  7. 計算結果が表示される.Final Function Value(計算で得られたコンホメーションエネルギー)をメモすること(単位kcal mol-1).
  8. 印刷は出来ません.Export→Capture GraphicsでJPEGファイルに保存することは可能です.(トナーを多量に使うので,JPEGファイルの大学での印刷は避けて下さい)(JPEGファイルの保存は,義務付けはしません).
  9. 結合長(C-C, C-H),結合角(C-C-C),二面角(C-C-C-C)を読みとって下さい(リンク先の動画を見て下さい).どこを読んだか,分子構造の概略をノートに書き取る等工夫をして,分かる様にしておいて下さい.二面角以外は,トランス形とゴーシュ形ではあまり変わらないので,どれか一つずつで構いません.


※以上の計算と解析を【例1】で作成したトランスコンホマーとゴーシュコンホマーの両方について行いなさい.