generic-nqsのダウンロードとインストール


generic-nqsを解凍して,SETUPにてインストール.最後のインストールはrootで行う必要あり.
なお,現在オリジナルのホームページからはダウンロード出来ない.

http://linux.maruhn.com/sec/generic-nqs.html

からgeneric-NQS-3.50.9.tar.bz2

をダウンロードする.


●キューマネージャーのスタート
qmgr start nqs

(毎回システムを起動するたびに行なう.自動起動スクリプトに書いておくことも出来る筈だが,筆者のところでは上手くいかなかった)

●キューの設定 (<queue name>は,キュ−の名前を入れる)

【1】キューの作成
qmgr create batch_queue <queue name> run_limit=1 user_limit=16
(run_limitは一度に走る数,user_limitはJob投入できる数)

qmgr set unrestricted_access <queue name>

(unrestrictedにすると,GUIでno accessibleのエラーが出にくくなるようだ)


【2】キューを可能にする
qmgr enable queue <queue name>

【3】キューをスタートする
qmgr start queue <queue name>

●Materials Studioの設定
アカウントaccelrysにて

/home/accelrys/MaterialsStudio/Gateway/config/configure queue -queuepath NQS/dsd_nqs -activate
でqueuing system用の設定になる(-activateを忘れても,メッセージはsuccessfulと表示されるが,設定は正しくされていない.)

正しく設定されると
/home/accelrys/MaterialsStudio/Gateway/root_default/dsd/conf/gw-info.sbd
に下記の行が加わる
queuingsystem=NQS/dsd_nqs
(NQSだけだと認識しない)

また,
/home/accelrys/MaterialsStudio/Gateway/root_default/dsd/conf/gwparams.cfg
にも同様に
gw_queuingsystem=NQS

となる.(もしなっていない場合は,エディタで修正する)

設定後,Gatewayの再起動が必要.(rootで行う)
/etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888 restart


standaloneモードのバッチシステムNQS上での実行

【手順】
1)下記の内容のファイルを作成する.名前は何でもよい.

#!/bin/sh
#
#@$-q <queue name>
#@$-o output (バッチ処理の状況が標準出力されます)
#@$-eo
cd $QSUB_WORKDIR
RunDiscover.sh ××××.inp  (<---ここを変更)

※同じディレクトリで複数のバッチ処理をする時は,outputを適宜変えた方がよいでしょう.
※ xxxxには,実際の入力ファイル名を書いて下さい.

2)作成したファイル(シェルスクリプト)に実行可能属性を付ける.
chmod +x ○○○○

3)バッチ処理の実行
qsub ○○○○

4)バッチ処理の状況の確認
qstat -l
(コマンドラインから実行した場合には,細かい状況が見れます.MS Modelingからのキューについては,runningしか分からない)