Materials Studio 3.0私的設定マニュアル

バッチシステムを使う(NQS, OpenPBS)


 Accelrys社の分子シミュレーションソフトMaterials Studioは,バッチシステムに対応しています.しかし,Helpにはインストール手順が殆ど書かれていません.

 下記に,木村がインストールした手順を纏めておきますので,ユーザーの方は参考にして下さい.なお,あくまで自己責任で御願いします.

インストールにあたっては下記のリンクを参考にしました.


また,standaloneモード での計算の方法を知っておくと,より効率的に計算出来ます.

【サーバー側の設定】(最初だけでよい)
各自のログインディレクトリにある.bash_profileのPATHに
/home/accelrys/MaterialsStudio/Discover/bin/
を追加する.
PATH=$PATH:$HOME/bin:/home/accelrys/MaterialsStudio/Discover/bin
        

(変更をログアウトせず有効にするには,
source .bash_profile)

【パソコン側の作業】
1.入力ファイル(.inp)の作成
 1)Discover -> Dynamics -> Files -> Save Filesで保存
 2).inpファイルの改行コードをCR+LFからLFに変更する(TeraPadの場合,漢字/改行コード指定保存で可.サーバー上ならnkfで可)

2.座標ファイル(.car),構造ファイル(.mdf)の作成
 1)File -> Export でExport as a Fileを「Insight II Molecular Files (.car, .cor)」にする
 2)Optionsをクリックし,UNIX formatにチェック
 3)Exportで保存

※以上の保存先を計算サーバーの各自のディレクトリにするとよい(Sambaで共有しておくと簡単).そうでない場合は,作業後,.inp, .car, .mdfファイルを手作業でコピーする

【Discoverの実行】
RunDiscover.sh ファイル名(拡張子なし) &
(バッチシステムがインストールされている場合のDiscoverの実行法は,それぞれのバッチシステムのインストール手順の書かれているページの最後を参照して下さい.)


Athlon 64をRedHat 8.0で動かす

【ハード構成】

ASUS A8V Deluxe (チップセットK8T800 Pro)

Athlon 64 3800+

MaxLine 250GB HD (ULTRA ATA-133)

DDR400 512MB CL2.5 x 2 (Dual Channel)

インテル(R)PRO/1000MT  サーバ・アダプタ

ASUS Radeon 7000VE

【インストール】

  1. OSは通常通りグラフィカルインストール出来る.
  2. ネットワークアダプタのドライバは,サーバー・アダプタに同梱のCD-ROMにLinux用が入っている.適当なディレクトリにコピーして解凍後,当該フォルダにcdして,
    make
    スーパーユーザーにて
    make install

    で終わり.
  3. しかし,チップセットK8T800 Proを構成しているサウスブリッジVT8237を認識せず,ディスクがDMAモードで動作しない.hdparmで見ると,何と5MB/s(PIOモードで動作).hdparmでDMAに設定しようとしても,拒否される.
  4. kernelをRedHat 8.0公式版の最終バージョン,及びfedoraプロジェックト頒布のRedHat 8.0最終版にアップデートしても事態変わらず.(kernel 2.4.20ではドライバがまだ入っていない)
  5. 下記からカーネル2.4.25のrpmを取ってきてインストールしたらDMAでアクセス出来るようになった.
    http://ccrma.stanford.edu/planetccrma/mirror/redhat/linux/planetedge/8.0/en/os/athlon/kernel-2.4.25-1.ll.rh80.ccrma.athlon.rpm

    カーネルソースはこちら
    http://ccrma.stanford.edu/planetccrma/mirror/redhat/linux/planetedge/8.0/en/os/i386/kernel-source-2.4.25-1.ll.rh80.ccrma.i386.rpm

    このカーネルに変更後のHDDアクセス速度
    速度テスト結果
    バッファ キャッシュ: 882.76 MB/sec
    バッファ付き: 57.25 MB/sec
  6. 速度は,athlon 3000+(+nforce 2マザー)の2割増し(クロック比並)(Athlon FXを使った方が,速いのでは? 一寸後悔)

オンボードLANは今のところ動作せず.ドライバをインストール後,kernelを再構築する途中で警告が出た(<手順を間違えた?).Intelのボードを入れるのが無難.


RedHat 9.0でライセンスサーバーを起動する

lmgrdがRedHat 9.0に対応していない.

/etc/rc.d/init.d/msi_lmboot start

で下記のエラーが出る.
"Incorrectly built binary which accesses errno, h_errno or _res directly. Needs to be fixed."

RedHat 9.0用を下記のWWWよりダウンロードする.

http://www.macrovision.com/services/support/fnp_utilities.shtml

/home/accelrys/License_Pack/Linux_2_Intel_32/exe

(Materials Studioのインストールパスが,/home/accelrys/MaterialsStudioの場合)

のlmgrdをダウンロードしたものに入れ替える.後は,インストールマニュアル通りで起動.

【関連記事】http://www.genaware.com/support/faqs/15/155/