kimura-lab

Polymer Functionalization Laboratory in NUT

生物機能工学演習1日目 ーメールの設定/アンケート/化学式の作図ー

生物機能工学演習1日目

1.メールの設定とアンケート

1)Webメールの転送と署名の設定を行う

・学生用WebメールのURLからアクセス.ログイン名とパスワードは入学時に与えられている統合用アカウント

https://stn.nagaokaut.ac.jp/

スマートフォン/携帯電話に転送設定をして下さい.また,発信元が分かる様に適当な署名を付けて下さい.

Webメールの設定・使い方のマニュアル

http://ipc.nagaokaut.ac.jp/GUIDE/user/squirrelmail/index.html

署名の例

—————————————————
長岡太郎
長岡技術科学大学 生物機能工学課程
taro@stn.nagaokaut.ac.jp
—————————————————-

(無用な個人情報は入れない.携帯電話番号,自宅住所等.研究室所属後は,研究室名は入れるとよい)

スマートフォン,携帯電話は,.nagaokaut.ac.jpからのメールを受信出来るようにして下さい.携帯メールアドレスの場合は「ドメイン受信可」に,Gmailの場合は設定不要(な筈)です.

・全員が設定できたら,木村から全員にメールを送ります.スマートフォン/携帯電話に届かない場合は,設定を再度確認して下さい.

2)アンケート「パソコンの利用について 」(CEASの第一回目)に回答して下さい.

3)テスト「メールの使い方(To:, Cc:, Bcc:の違い)」 (CEASの第一回目)に回答して下さい.隣の席の人とメールを送受信して確認してから回答すること.


2.化学構造式作図 —ACD/ChemSketch−
化学構造式の作図や3D表示,分子量や物性の検索が統合的に出来る(http://www.acdlabs.com/download/).
日本語マニュアル http://www2.acdlabs.com/download/docs/chsk35_j.pdf

1)起動

「スタート」→「全てのプログラム」→「ACD LABS Freeware 2015」→「ChemSketch」を選択.最初にあらわれるウインドウはOKをクリックして下さい.

2)設定の変更 ←重要
「Tools」→「Structure Properties」および「Option」→「Preferences」で行なう.

全ての炭素の表示:Show CarbonsのAllをチェックする.(初期設定ではTerminalになっている).
原子ラベルと結合長の調整:Size CalculationのAutoのチェックを外す.次に,Atom Symbol Sizeを10pt,Bond Lengthを10mmに変更する.以上の変更を終えたら,ApplyボタンとSet Defaultボタンををクリックし,この設定ウインドウを閉じる.

次に,Option → PreferencesのStructureタブをクリック



FixedのBond lengthとBond angleをチェックしてOKボタンを押す.

以上の操作を行った動画

3)描画例

結合を描く:

結合を一本ずつつなぐツール(上記の図で選択中)と,鎖状の構造をまとめて描くツールがある.消去は,選択ツール(上記の図で選択されているアイコンの左隣)で,消したいものを選択してから,DELキーまたはメニューのカット.

末端の原子を描かない様にする方法:
例)ポリエチレンの繰り返し単位

左側のツールバーの下の方にあるRを右クリック.Pseudo Atom(擬原子)のアイコンを選択し,両末端の原子をクリックすると,原子が消えて結合だけ残る.元に戻す時は,例えば炭素ならCを選択しておいて,結合アイコンを選択した後,末端をクリックする.


末端以外のの炭素を表示しないようにする

テンプレートを用いた作図:複雑な化学構造式をワンタッチで書ける.

Template → Template Window.左のタブまたはプルダウンメニューから,化学構造を選択する.糖(β-D-ピラノース)の場合は,「Sugars:beta-D-Pyr」.プルダウンメニューで,構造式の種類が選べる.いす形は,「Chair Presentations」.描きたい構造を選び,描画したい場所をクリックする.アミノ酸もプルダウンメニューの中にある.炭素を描きたくない場合は,描いた化学構造式を選択し,Tools → Properties → Show CarbonsのAllのチェックを外してapplyボタンをクリックする.

4)分子量や物性の検索

ツールバーのChemSpiderをクリックする.ブラウザに表示するか,ChemSketch内に表示するか選択するウィンドウが開かれるが,そのまま「OK」をクリックする.検索結果のProperties をクリックすると,分子量や融点,沸点等の物性が表示される.


分子モデリング1日目 課題(必ず行なうこと)

1-1.ChemSketchでテンプレートを用いてブタン,L-アラニンの構造を描け.
(3日目に電子レポートでWord文書で提出する.ChemSketchで作成した化学式をWordにコピーすること.また,コピー前の構造はChemSketch上で保存しておくこと!)

(ChemSketchで作成した化学式は、ChemSketchで選択して「Copy」した後、Word上で「Ctrl+V」(CtrlキーとVキーを同時に押す)またはツールバー上の「貼り付け」→形式を選択して貼り付け→貼り付ける形式→ACD/ChemSketchオブジェクト、を選択すればコピーできます.

 

(画面をPrintScreenでビットマップデータとして保存して貼り付けてはいけません。印刷するとガタガタになります)