kimura-lab

Polymer Functionalization Laboratory in NUT

高分子の分光法とシミュレーション Materials Studioを使った分子動力学計算と解析

Materials Studioを使った分子動力学計算と解析

ブタンの真空中の1分子のシミュレーション

  1. ブタンを組み立てる
  2. 「二面角」ツールで中央のC-C結合をクリック
  3. 二面角が設定.
  4. 設定した二面角を「矢印」アイコンでクリック
  5. Edit→ Edit setで二面角に名前を付ける
  6. 計算の実行.Forcite → Calculation → Dynamics

  7. Moreをクリックして,分子動力学の条件設定.画面ではNVEになっているが,NVTにする.Frame outputは100 step(0.1ps)にする.この位で二面角の評価には十分.Total Simulation Timeは適宜長くする.コンホメーションの評価には500〜1000psは必要か?
  8. 設定出来たら,Runで実行
  9. Job completedで正常終了.
  10. 結果の解析.トラジェクトリーファイルをダブルクリック
  11. Forcite -> Analysis
  12. Torsion distributionを選択.Setsはphiを選択.binは10程度(10度刻みで集計).Torsion Evolutionで二面角の時間変化を調べるのもよい.
  13. Analyzeをクリックすると,下記のグラフが表示される.Excel等にエクスポート可
  14. 二面角の分布は適切に再現されていると考えられるか? シミュレーションの時間の長さ(Total Simulation Time)や力場(force field)を変えて調べてみよ.デフォルトはUniversalだが,凝縮系のMDに適しているのは,COMPASS,COMPASS IIや,pcff.