kimura-lab

Polymer Functionalization Laboratory in NUT

高分子の分光法とシミュレーション Materials Studioとコンホメーションエネルギーマップの作成

  1. Materials Studioの起動
    Biovia -> Materials Studio 2016
  2. 分子構造の作成
    「ジグザグ」ツールで一つずつ繫いでいく
  3. 二面角の指定
    「二面角」ツールで結合をクリックする
  4. コンホメーションエネルギーの計算
    Modules -> Conformers->Calculation
    Optimize energyはチェック.Torsionsをクリック
    Minimum -180゜,Maximum 180゜,#Steps 36にする.設定したら×をクリックしてウインドウを閉じる.
    Runをクリックして計算開始
  5. 計算結果のテキスト書き出し
    stdファイルを表示.表形式になっている.
    Exportメニューでcsvファイルで保存
  6. エネルギーの最低値を0にし,角度の範囲を修正する.
    Excelに保存したcsvファイルを読み込み.最低値はmin()関数で評価できる.
    二面角は-180゜〜180゜を,0゜〜360゜になるように変換する(アルカンの場合,トランス形をマップの中心にするため).Excelの関数で,IF(セル番号<0, セル番号+360, セル番号)とすれば,角度が変換出来る.
    処理結果はcsv形式で保存.
  7. gnuplotでコンホメーションマップを書き出し
    gnuplot-conformation-map をクリックしてダウンロードし,テキストエディタ(メモ帳でもよい)で最後の行(splotで始まる)のファイル名をパスも付けて変更(パスは¥を¥¥と書くこと)(例: Z:¥nkimura¥data.txt なら Z:¥¥nkimura¥¥data.txt
    コマンドプロンプト起動
    gnuplot -p “スクリプトファイル名”
    スタートアップ−>gnuplot−>gnuplot
    load スクリプトファイル名(パスも付ける.パスは¥を¥¥と書くこと)エクスプローラーからドラッグ&ドロップするとよい)
    ※グラフウインドウを閉じるとgnuplotは終了する.グラフはword等に貼り付け可.作製例(Macの場合.Windowsでは若干見た感じが違う)
    ※スクリプトファイルは,Windowsで日本語ファイル名を使う場合は,テキストファイルをShift-JISで保存すること